1 (11-07-2017 12:32:19 отредактировано kbg_dnepr)

Тема: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Written records go back to the dawn of written history. DNA goes back to the dawn of human existence. - George Church, the Harvard genetics professor who founded the Personal Genome Project.
Письменные источники идут вглубь веков до зари письменной истории. ДНК идет вглубь до зари существования человечества. - Джордж Черч, профессор генетики Гарвардского университета, основатель Личного Геномного проекта.


Какую биологическую роль играет ДНК? Как устроен геном человека? К каким достижениям в биологии и медицине привело открытие ДНК? Об этом рассказывает доктор физико-математических наук Максим Франк-Каменецкий.

+ открыть текст

Хотя ДНК как химическое соединение, выделенное из ядра клетки, известно еще с середины XIX века, структура ДНК была открыта Уотсоном и Криком в 1953 году. Само слово «ДНК» является сокращением, как, наверное, все знают, от «дезоксирибонуклеиновая кислота», и слово «нуклеиновая» именно из-за того, что она была обнаружена в ядрах клеток, то есть в nucleus. И поэтому с самого начала было ясно, что она играет какую-то биологическую роль, но какую, опять же до открытия структуры в 1953 году, точно было не известно. И только после этого стало полностью ясно, что именно в ДНК заключена генетическая информация во всех живых организмах.

Огромное значение структуры ДНК состоит в том, что, как мы теперь знаем, во всех живых организмах на Земле генетическая информация заключена в виде вот этой структуры, открытой Уотсоном и Криком, которая называется двойной спиралью.

Как же она устроена, эта двойная спираль? Она состоит из двух полимерных цепочек, то есть цепочек, в которых химические единицы повторяются почти строго, «почти» в том смысле, что они четырех сортов: A, G, T и C. И этим четырехбуквенным алфавитом записана вся генетическая информация в молекуле ДНК.
Узлы ДНКУзлы ДНКБиофизик Максим Франк-Каменецкий о топологии ДНК, ферментах, способных ее менять, и разрыве ДНКУ нас, у людей, полный геном, то есть один экземпляр нашей генетической информации, — это текст, состоящий приблизительно из трех миллиардов букв, вот этих A, T, G и C, повторяющихся в определенной последовательности. Так же, как и обычный текст, написанный, скажем, на русском языке, это последовательность букв нашего алфавита. То есть генетический алфавит состоит из четырех букв.

Эти химические соединения довольно сложно устроены — каждое из них состоит из трех частей: это так называемое основание, которое определяет A, T, G или C; сахар, к которому основание присоединено; а еще к этому же сахару с другой стороны присоединена так называемая фосфатная группа, которая несет отрицательный заряд. И вот такая тройка — основание, сахар и фосфат — повторяется огромное количество раз, соединена в такую длинную-длинную цепочку. И эта цепочка имеет направление, она имеет химическое направление. И сама ДНК состоит из двух таких цепочек, они противоположно направлены друг относительно друга, как говорят, антипараллельны. И между этими двумя цепочками имеется знаменитое правило комплементарности, открытое Уотсоном и Криком, состоящее в том, что если в одной цепочке находится А, то в другой обязательно Т, и наоборот; и если в одной G, то в другой С, и наоборот. То есть вся цепочка состоит из пар AT и GC, тоже в некой нерегулярной последовательности.

Дальше эти две антипараллельные цепочки еще закручены при этом в спираль. То есть ДНК представляет собой двойную спираль, так что на каждый полный виток спирали — то есть это винтовая линия такая, — и на каждый виток этой винтовой линии приходится 10 пар оснований. Это такие пары оснований, которые друг относительно друга повернуты на 36 градусов так, что через 10 пар делается полный оборот.

Какие параметры двойной спирали? Ее толщина. Это почти цилиндр получается: снаружи фосфатные группы заряженные, и диаметр этого цилиндра 2 нанометра. Это действительно наноструктура, по крайней мере, толщина очень маленькая. Длина ее может быть огромной, в зависимости от того, какой длины молекула ДНК. Например, если вытянуть все молекулы ДНК в ядре нашей одной только клетки, то получится колонна толщиной 2 нанометра, а длиной почти 2 метра, это колоссальной длины молекула. Конечно, она как-то в клетке очень сильно компактизована, мы тоже отчасти знаем как. И вся эта длиннющая молекула, тонюсенькая длиннющая молекула оказывается упакована внутри клеточного ядра.

Со времени открытия двойной спирали мы, конечно, очень много узнали и о физической структуре, пространственной структуре ДНК и тех белков, которые осуществляют экспрессию генетической информации, заложенной в ДНК. А также, конечно, гигантским достижением прошедших со времени открытия ДНК лет была разработка методов чтения текстов ДНК. Мы научились читать ДНКовые тексты, мы теперь это делаем очень экономично. То есть, скажем, определение последовательности ДНК, всех этих трех миллиардов звеньев одного человека, то есть определение, расшифровка генома конкретного человека теперь стоит порядка тысячи долларов. Это невероятно дешево по сравнению с тем, что было 15 лет назад, когда был расшифрован первый геном человека — это обошлось приблизительно в 3 миллиарда долларов. Это совершенно несопоставимые цифры, огромный прогресс в технической области определения последовательности ДНК.

Мы знаем теперь последовательности практически всех бактерий. И уже у тысяч и тысяч людей полностью расшифрованы последовательности ДНК. Это сейчас уже не составляет никакой проблемы, и это, конечно, подлинная революция в области и фундаментального понимания жизни, и физиологии, и в области, конечно, медицины. Мы переходим на новую медицину, которая гораздо более персонифицирована и заточена на конкретного пациента с его конкретными генетическими особенностями. Сейчас в значительной степени мы еще в предыдущей эре, когда лекарства и лечение применяются для любых людей. Это, конечно, неправильно в принципе и должно быть гораздо более нацелено на конкретного человека с его конкретными генетическими особенностями.
Все это стало возможным благодаря колоссальным успехам в молекулярной биологии и всей технологии, которая возникла вокруг этого.

postnauka.ru/video/37988

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

37 (08-10-2019 10:25:06 отредактировано kbg_dnepr)

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Окончание

Земледелие вместе со своими носителями постепенно, мелкими рывками двигалось на север, через Армянское нагорье к плодородным долинам Анатолии. И около 5400 лет до н.э. случилось ещё одно событие, повлиявшее на судьбу нашего региона и намертво вошедшее в фольклор народов Ближнего Востока.

Как мы помним, за время ледникового периода уровень океанов упал катастрофически, и многие из нынешних морей были в те времена небольшими лужицами. Не минула эта судьба и Чёрного моря, бывшего в тот момент относительно большим пресноводным озером, в которое могучими потоками сливалась талая вода из земель, только что освободившимся от мерзлоты ледника (см. выше карту времён последнего ледникового максимума). Его береговая линия проходила от нынешнего Севастополя до румынской Констанцы, а Азовского моря вообще не было. Но всемирный океан и соединённое с ним Средиземное море подымались намного быстрее, и вот в один прекрасный день перемычку, отделявшую Мраморное море от Чёрного прорвало, и солёная вода потоком полилась на север. Вся пресноводная жизнь тут же изволила вымереть, оставив нам в наследие сероводородный слой на дне. За несколько лет уровень воды поднялся на несколько десятков метров, а площадь зеркала увеличилась на треть. Кроме затопления многих земель, особенно на равнинном севере, это означало резкое увеличение влажности. Больше влажности – больше травы. Больше травы – больше пригодных для земледелия и скотоводства земель.

Однако, ломанувшихся за землицей горячих месопотамских парней с символом J2 на футболке встретили не менее горячие балканские парни из группы I, уже осознавшие преимущества неолитической революции (или творчески передравшие технологию сапания грядок). Неизвестно, как проходил разговор, но в целом разошлись мирно – образовавшаяся Балканская неолитическая культура являлась синкретической (сочетающей черты как пришельцев, так и местных), а их гены в дальнейшие несколько тысяч лет распространяются по Европе параллельно.

А распространяться было куда. Альпийские ледники активно таяли, на юго-восток от них благодатной голубой полосой тёк Дунай, и на его берегах представители новой технологии нашли своё счастье. За несколько сот лет, до 5000 года до н.э. земледельцы, известные в науке как "культура линейно-ленточной керамики" по характеру узоров на горшках, продвигаются до верховий Дуная, переваливают через водораздел и основывают многочисленные поселения в долинах рек, текущих на север, к Балтике – Рейна, Эльбы, Одры и Вислы. Общество являлось матрилокальным – после свадьбы жених переходил в семью невесты, сохраняется "культ Венеры". Экспансия в большинстве случаев является мирной, и генетический состав по мере отдаления от эпицентра включает в себя всё больше генов местных жителей – бывших неолитических охотников, потомков Урсулы, Вельды, Елены и Катрин (митохондриальные группы U, V, H и K).

Однако, на фронтире этого расселения всё было не так весело. Именно с тех времён мы знаем о первых настоящих войнах – да таких жестоких, что даже кошмар Второй Мировой меркнет. Поголовное истребление противника, массовые убийства пленных (иногда с ритуальным каннибализмом), пытки – новая культура внезапно проявила свою чёрную сторону. Подробности здесь https://warspot.ru/5620-pervobytnaya-vo … genotsida.

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

38 (23-10-2019 09:42:59 отредактировано ArturVer)

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

А Вы знали, что название снипов зависит от той компании, которая впервые открыла их?

Процитирую источник:
https://www.eupedia.com/genetics/phylog … troduction

...Большинство гаплогрупп верхнего уровня (например, E1b1b, I1, J2, R1b) имеют десятки тысяч лет, как правило, восходящие к мезолиту или палеолиту. Основные клады внутри гаплогруппы часто совпадают с большими этноязыковыми группами, которые обычно отображаются с определяющим SNP (например, E-V13, G2a-L497, J1-P58, R1a-M458, R1b-U106). Эти основные клады были сформированы по большей части во времена неолита или бронзового века. Глубокие одеяния, также показанные с определяющим SNP (например, I1-L1302, I2a2a-Z78, J1-ZS227, N1c-M2783, R1b-M222), представляют более молодые линии, которые возникли во время железного века, средневековья или позже. Чем глубже подклад, тем более поздний общий предок (=> см. Также Как отследить наше происхождение с помощью ДНК? ). Классификация SNP по генеалогическому порядку известна как филогенетика.

Обратите внимание, что некоторые SNP имеют более одного наименования, известного как псевдонимы (например, S21 и M405 имеют ту же мутацию, что и U106), потому что тестирующие компании, которые обнаруживают их, имеют свою собственную номенклатуру. Например, SNP, начинающиеся с M, были идентифицированы Стэнфордским университетом, серия L (например, L21) была найдена с помощью Family Tree DNA в Техасе, PF - Университетом Сассари в Италии, U (например, U152) - Университетом Центральная Флорида, S (например, S21) от EthnoAncestry и CTS от Welcome Trust Sanger Institute в Кембридже, Великобритания. Серии DF и Z принадлежат различным членам сообщества генетической генеалогии. Серия Y была идентифицирована Yfull.com.

Тесты на Y-ДНК существуют с начала 2000-х годов, но в то время тестирование ограничивалось отдельными SNP, по одному за раз. Затем год за годом приходили посылки из десятков, потом сотен, а затем тысяч SNP. С 2014 года новые коммерческие тесты позволили упорядочить миллионы SNP одновременно, покрывая большую часть Y-хромосомы. Это позволило быстро обнаружить десятки тысяч новых SNP, благодаря которым филогенетические деревья выросли до очень высокого разрешения, а иногда лишь несколько поколений отделяли самые глубокие разветвления дерева. Такое высокое разрешение было бы неуместным, поэтому мы решили ограничить глубину средневековьем, когда сформировалось большинство современных этнических групп. Пионером полного секвенирования Y-хромосомы была корпорация полного генома (Full Genome Corprations), и SNP, открытые этой компанией, начинаются с FGC...

Результати Y-DNA: Ч: I-FT89137 (BIG-Y) (ранні Європейці Палеоліта, North Dinaric cluster); ЖЧ R-BY120038 (BIG-Y, балто-слов’янська лінія); ЖЖЧ R-FT216860 (BIG-Y, балто-слов’янська лінія) + ЧЧЖЧ R-Y1392 (BIG-Y, слов’янська лінія).
Результати mtDNA: Ж: H; ЧЖ: U5b1e1; ЧЧЖ: H2a5b1; ЖЧЖ: X2b-T226C;
Подільска губернія. Православні та старообрядці + Мглинський повіт Чернігівської губернії
Спасибо сказали: kbg_dnepr1

Поделиться

39 (30-10-2019 11:29:01 отредактировано kbg_dnepr)

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Нові дослідження мітохондріальної ДНК пропонують Ботсвану як місце виникнення сучасної людини 130-110 тис. років тому https://www.inverse.com/article/60470-h … FF4B2nIVfA

Anatomically modern humans originated in Africa around 200 thousand years ago (ka)1–4. Although some of the oldest skeletal remains suggest an eastern African origin2, southern Africa is home to contemporary populations that represent the earliest branch of human genetic phylogeny5,6. Here we generate, to our knowledge, the largest resource for the poorly represented and deepest-rooting maternal L0 mitochondrial DNA branch (198 new mitogenomes for a total of 1,217 mitogenomes) from contemporary southern Africans and show the geographical isolation of L0d1’2, L0k and L0g KhoeSan descendants south of the Zambezi river in Africa. By establishing mitogenomic timelines, frequencies and dispersals, we show that the L0 lineage emerged within the residual Makgadikgadi–Okavango palaeo-wetland of southern Africa7, approximately 200 ka (95% confidence interval, 240–165 ka). Genetic divergence points to a sustained 70,000-year-long existence of the L0 lineage before an out-of-homeland northeast–southwest dispersal between 130 and 110 ka. Palaeo- climate proxy and model data suggest that increased humidity opened green corridors, first to the northeast then to the southwest. Subsequent drying of the homeland corresponds to a sustained effective population size (L0k), whereas wet–dry cycles and probable adaptation to marine foraging allowed the southwestern migrants to achieve population growth (L0d1’2), as supported by extensive south-coastal archaeological evidence8–10. Taken together, we propose a southern African origin of anatomically modern humans with sustained homeland occupation before the first migrations of people that appear to have been driven by regional climate changes.

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

40

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Вебінар англійською https://www.youtube.com/watch?v=Vk8Jf_gIXVc

DNA is an increasingly important tool that can help us discover amazing things about ourselves and our families. This webinar will provide a brief refresher of human genetics and review the different types of DNA tests available today with an in-depth discussion of autosomal DNA tests and how these tests can be used to solve genealogical problems where evidence from traditional records in scarce.

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)
Спасибо сказали: ArturVer1

Поделиться

41

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Схоже, корисний сайт для початківців (англійською) https://www.yourdnaguide.com/

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

42

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Михаил Гельфанд – молекулярная палеонтология (древняя ДНК, ее сохранность и методы выделения)

https://www.youtube.com/watch?v=Evc0K9p-txM

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

43

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Для ДУЖЕ допитливих

DNA – Structure and function
The DNA molecule has two functions. If you want to understand what they are, you must first learn about the structure of the DNA molecule. When you have mastered the basics of DNA structure, you can also understand how the DNA molecule performs its functions. Watch the video to find out!

https://www.youtube.com/watch?v=8jO-5TLNOb0

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

44

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

kbg_dnepr пишет:

Михаил Гельфанд – молекулярная палеонтология (древняя ДНК, ее сохранность и методы выделения)

https://www.youtube.com/watch?v=Evc0K9p-txM

Да этот Михаил Гельфанд:

1. Непрофессионален. На одной из недавних лекций у Соколова ему задали вопрос о "бутылочном горлышке", которое было в прошлом. И он назвал цифру в 100 000 человек, которая меня ошеломила, своим профанством. Ведь он зарабатывает лекциями и это его предмет, ПРОФЕССИЯ так сказать. И он такое ляпнул. Даже я - простой любитель - и то знаю, что ученые, в частности Ричард Доккинз, называют цифру порядка 30-40 человек. И это никак не 100 000 тыс. Т.е. если Гельфанд взялся уже других чему-то обучать, то так путаясь в основных цифрах эволюционной истории человека - это пахнет дилетантством и очковтирательством.

2. Чисто как человек - мерзкий немного. Смотрел его лекции год-два назад. На лекции в Киеве он говорил неблагоприятные вещи о российской аудитории, мол там она заставляла говорить какие-то вещи о величии России.
Но мне довелось посмотреть ту его лекцию, более раннюю в РФ. И на самом деле САМ Гельфанд, желая более понравиться аудитории, возвеличивал там Россию и ее народ. Как говориться, и нашим и вашим. Мерзко в общем.

Результати Y-DNA: Ч: I-FT89137 (BIG-Y) (ранні Європейці Палеоліта, North Dinaric cluster); ЖЧ R-BY120038 (BIG-Y, балто-слов’янська лінія); ЖЖЧ R-FT216860 (BIG-Y, балто-слов’янська лінія) + ЧЧЖЧ R-Y1392 (BIG-Y, слов’янська лінія).
Результати mtDNA: Ж: H; ЧЖ: U5b1e1; ЧЧЖ: H2a5b1; ЖЧЖ: X2b-T226C;
Подільска губернія. Православні та старообрядці + Мглинський повіт Чернігівської губернії
Спасибо сказали: Relic hunter, luvi2

Поделиться

45

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

Анатолій Кльосов - не та особа, яку люблять поляризувати серйозні фахівці з ДНК-генеалогії.

Він, власне, і не потребує популяризації, бо ДУЖЕ активний, у тому числі й в англомовному просторі:

DNA genealogy, mutation rates, and some historical evidence written in the Y-chromosome. II Walking the map.
https://www.academia.edu/4222512/DNA_ge … view-paper

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)

Поделиться

46

Re: ДНК-лікнеп / ДНК-ликбез

ДНК-генеалогія "ab ovo" | Ольга Малюта | Вільна генеалогічна балачка #29

У #29 випуску Вільної генеалогічної балачки говоримо про основу, на якій стоїть ДНК-генеалогія, з популяризаторкою науки, молекулярною біологинею Ольгою Малютою.

Сьогодні ми торкнемося саме біологічної сторони ДНК-генеалогії — самої ДНК, де вона живе, якою буває, чому мітохондріальна є в чоловіків, а також чому генетичний Адам та генетична Єва не жили одночасно.

Гостя ефіру: Ольга Малюта — молекулярна біологиня, ембріологиня репродуктивної клініки, популяризаторка науки

https://www.youtube.com/watch?v=6iMKUQ5 … p;index=15

Пошук предків: Глушак (Брянськ.) Ковальов Федосенко (Могилевськ.)
Оглотков (Горбат. п. НГГ) Алькин Душин Жарков Кульдішов Баландин (Симб. губ.)
Клишкін Власенко Сакунов Кучерявенко (Глухів)
Кириченко Бондаренко Білоус Страшний (Новомоск. Дніпроп.)
Спасибо сказали: Rostislav1

Поделиться